El Lempa es el río padre de El Salvador. Aunque nace en Guatemala de sus 422 Km 360 Km corresponden a El Salvador. Entra en el país por el departamento de Chalatenango, corre por el norte del país partiendo en dos la Sierra Madre Salvadoreña. Llega a hacer frontera con Honduras, para, en el cordón volcánico, cambiar de dirección y dirigirse rápidamente al mar. Desemboca en la planicie costera del océano Pacífico, entre los departamentos de San Vicente y Usulután. El Lempa es navegable durante muchos kilómetros. Es un río intensamente aprovechado, ya que a lo largo de su curso se suceden las presas, con aprovechamiento de riego e hidroeléctrico.
El resto de los ríos de El Salvador son cortos, rápidos y con espectaculares avenidas. Esto se cumple sobre todo en los ríos que desembocan directamente en el Pacífico, pero también en los afluentes del Lempa. El Salvador es uno de los países con más densidad ríos y mejor drenado del mundo.
Otros ríos importantes en El Salvador son el Paz, que hace frontera con Guatemala; el Goascorán que la hace con Guatemala en el extremo opuesto y desemboca en la bahía de la Unión; y el río Grande de San Miguel que recoge las aguas de la parte oriental del país.
Por todo el territorio salvadoreño hay pequeños lagos de origen volcánico, que ocupan el interior de antiguos cráteres, o se represan detrás de cordones de lava. Los más importantes son:
- Ilopango (72 km²), el mayor del país
- Olomeca (24,2 km²)
- Coatepeque (24 km²) y
- Güija (45 km²) compartido con Guatemala.
